Junior iniciará su participación en el Grupo D de la Copa Libertadores 2024 visitando el 3 de abril a Botafogo, en encuentro que se disputará en el estadio Olímpico Nilton Santos, de Río de Janeiro, a las 5:00 p.m. (hora de Colombia). Un día antes, en Lima, Universitario de Deportes recibirá a Liga de Quito.

En la segunda fecha, el 9 de abril (9:00 mp.m.), Junior será local ante Universitario y el 11 de abril, Liga de Quito recibirá a Botafogo.

Junior volverá a jugar en casa en la tercera fecha, el 23 de abril (9:00 p.m.) ante Liga de Quito y al día siguiente Botafogo recibirá a Universitario.

El 7 de mayo (9:00 p.m.), por la cuarta fecha, Junior visitará a Universitario y un día después Botafogo recibirá a Liga de Quito. 

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En la quinta fecha, el 14 de mayo (5:00 p.m.), Junior visitará a Liga de Quito en el estadio Rodrigo Paz Delgado y el 16 de mayo, Universitario recibirá a Botafogo. 

En la sexta y última fecha de la fase de grupos, el 28 de mayo, en horario unificado (5:00 p.m.), Junior será local ante Botafogo y Liga de Quito recibirá a Universitario.

Los dos primeros de cada grupo avanzarán a octavos de final y los terceros jugarán esta misma instancia de la Copa Sudamericana.